Este templo ha sufrido tales transformaciones que su pertenencia a la arquitectura mudéjar prácticamente se reduce al empleo de los tradicionales muros de ladrillo y cajones de mampostería y tapial. Lo más antiguo del templo es, seguramente el escudo del obispo Antonio del Águila (1537-1546) que aparece sobre la portada de los pies. Tanto por dentro como por fuera se aprecia una reconstrucción importante, como así lo manifiestan los aparejos de los muros y el encabalgamiento de las distintas dependencias.

La nave debe ser lo más antiguo y remataba en ochavo. Después se añadió una capilla mayor, cubierta por una cúpula sobre pechinas, y más tarde se abrieron diferentes capillas anejas. La más original es la que se encuentra a la derecha, junto al arco toral, con un amplio arco de acceso y el camarín, al fondo todo ello labrado en ladrillo que remedan las obras de tradición mudéjar. El camarín está dedicado a la Virgen de la Cabeza, de la cual existen, curiosamente, tres imágenes en la localidad y goza de gran devoción en el Valle del Zalabí. La torre debió añadirse a finales del siglo XVIII o principios del XIX y todo el templo ha sido restaurado y dignificado en los últimos años. La primitiva armadura de la nave principal fue sustituida por una bóveda de medio cañón. El volumen exterior resulta airoso por la limpieza de los volúmenes y su ubicación, en lo alto de una plaza despejada.

Especial significación tienen en este templo y la localidad las devociones a los santos mártires Pablo y Juan, patronos de Exfiliana, y la romería dedicada a la Virgen de la Cabeza.