Su proceso constructivo se inicia en 1545, año en que Francisco Heredia procede al derribo de la antigua mezquita, y se queda con la obra de la nueva iglesia el albañil Francisco Roldán, al cual ayudaron Ambrosio de Bonilla y Baltasar de la Hoya en abrir las zanjas y hacer los cimientos. En los años siguientes se levanta el templo. Las armaduras se contratan con el carpintero Bartolomé Meneses, el cual recibe pagos por este trabajo de 1554 a 1558. En este último año se hace constar expresamente el pago por la armadura de la capilla bautismal, único elemento de la carpintería antigua que se conserva. El maestro Roldán tuvo bastantes problemas en el cobro de la obra, porque tanto el arco toral como la propia iglesia resultaron deficientes, según estimación de los maestros tasadores. Concluida la estructura, entre 1560 y 1562, el cantero Pedro de Riaño hizo la portada principal, ajustada a unas trazas y condiciones dadas por Juan de Arredondo, maestro mayor de la catedral de Guadix en aquel momento; fue su costo de casi 274 ducados.45 Por su parte, el albañil Baltasar de la Hoya hizo otra portada, seguramente de ladrillo, la cual se le pagaba en 1560; es posible que por las chapuzas realizadas se le retirara el contrato a Roldán.

Constaba entonces la iglesia de una nave, capilla bautismal anexa y capilla mayor. En distintos momentos se le fueron añadiendo distintos elementos y dependencias, como la torre con su airoso campanario, las dos naves laterales, la sacristía, con una bóveda amplia, y diferentes capillas. Según se desprende de las condiciones de la iglesia de Lanteira, la torre primitiva estaba rematada en una terraza y con almenas. En el siglo XIX sufrió dos incendios tras los cuales se rehicieron sus armaduras, pero con una estructura prácticamente funcional; entre 1983 y 1985 fue nuevamente restaurada toda la iglesia.

En la actualidad cuenta con una estructura regularizada de tres naves separadas por pilares y capilla mayor independiente, de planta ochavada, y cubierta con techo octogonal de yeso, así como un pequeño camarín para la imagen del Cristo crucificado. Las condiciones de la armadura del XVI, que debía llevar pechinas, parecen indicar que la primitiva capilla mayor no era ochavada. Las cubiertas son aparentemente de madera, pero es un simple tablado que viene a evocar las antiguas techumbres. Lo más notable en cuanto a lo antiguo mudéjar es la preciosa armadura que cubre la capilla bautismal. Dicha capilla, de pequeño tamaño que casi pasa desapercibida, está cerrada por una buena reja de madera torneada y dentro guarda una exquisita armadura, ochavada y cuajada de lacerías mudéjares, con dos ruedas de lazo de ocho en el almizate; tanto las pechinas como las molduras sobre las que apoyan ha sido rehechas modernamente.

El exterior de la iglesia resulta atractivo, ya que al estar aislada permite ver el escalonamiento de los tejados y aleros con que se cubren las diferentes dependencias que nos hablan de los muchos cambios habidos. La torre conserva restos en su base de pinturas simulando un despiece regular de ladrillos.

Elemento de especial interés es la portada principal, una de las más elegantes de la comarca y que corresponde al Renacimiento pleno. Esta portada estuvo primitivamente en el lado derecho, el de la epístola, y deba al cementerio, pero en 1820 se decidió trasladarla al testero de los pies, sustituyendo posiblemente a la de ladrillo que había labrado Baltasar de la Hoya.46 Consta de dos cuerpos, el inferior con dobles columnas jónicas acanaladas, sobre plinto corrido, y arco de medio punto con recuadros y jambas cajeadas; la ménsula de la clave es de acanto y en las enjutas lucen sendos espejos. El entablamento presenta un original friso muy estrecho y convexo, –llamado pulvinato por la tratadística– y la cornisa es poco volada y sin dentículos. El segundo cuerpo, más reducido en anchura y también con apilastrado jónico, está mutilado y recompuesto en su panel interior. Así parece demostrarlo el que las molduras se corten por arriba, la posición de los escudos y la presencia del balcón ocupando todo el alto de este cuerpo. Dichos escudos, que pudieron estar originalmente a los lados, corresponden a los obispos Martín de Ayala (1548-1560) y Álvarez de Vozmediano (1560-1574). Se remata con frontón recto, muy somero de talla, y bolas. Flanqueando este cuerpo y sobre la cornisa inferior hay dos jarrones bulbosos. Los sillares que la forman muestran una fuerte descamación, característico de haber sido repintada varias veces y después limpiada. Esta portada ofrece un cambio sustancial respecto a las anteriores de la comarca, ya que ofrece un esquema netamente arquitectónico y el empleo exclusivo del orden jónico. Esta circunstancia, la forma de articular el entablamento y la decoración de las basas, la ponen en relación directa con la capilla de San Torcuato de la catedral accitana, que por aquel tiempo hacía Juan de Arredondo.

En su interior, diversas imágenes, en su mayor parte modernas, mantienen vivas antiguas devociones, como la del patrón, san Buenaventura, y las de san Blas, san Antón, la Virgen de los Dolores o el Crucificado que preside su altar mayor.